企业信息化与电子商务的关系长期纠缠不清，困扰业界，归纳起来，大致有四种观点：
企业信息化大于电子商务，即电子商务是企业信息化的一部分，电子商务是企业信息化不断扩展和延伸的结果。
电子商务大于企业信息化，即企业信息化是电子商务的一部分，因此对电子商务的考虑和规划自然包含了企业信息化的内容。
企业信息化是信息技术在企业内部的应用，顶多延伸至供应链管理，而电子商务是信息技术（特别是互联网）在企业外部（市场）的应用。简言之，企业信息化主内，电子商务主外。
电子商务是企业信息化的“高级阶段”，即信息技术在企业应用的高级阶段为企业信息化，到了该阶段就是电子商务了。
上述观点各执一词，都有正确的成分，但都是片面的，从根本上说都是不正确的。其不正确的要害在于将企业信息化和电子商务放在同一范畴、同一层次上，认为企业信息化与电子商务的区别仅仅体现在范围和阶段的不同，只是“量”的不同。
产生上述观点和认识的原因在于：由于企业信息化在先，特别是长期从事企业信息化的专业人员很容易也很自然地从企业信息化的角度，以企业信息化的思路、体系和方法来理解和应用电子商务。20年来，我国企业信息化基本上是靠技术推动的，因而从技术或技术应用的角度认知企业信息化乃至电子商务，也是很“顺理成章”的。此外，一谈到商务，就联想到商业、市场和买卖，带有“商务”字样的电子商务也就被拒在门外，仅仅将其与信息技术的企业外部（市场）应用相联系。尤其是许多人没有或者没有深刻意识到这些年来企业与市场已经或正在发生的巨大变革，依然坚持将企业与市场割裂开来，事实上，企业与市场正在交互融合，现在的企业已经不再是铁板一块、全然科层式的企业，企业内部也在越来越多地引入市场化的模式和做法，如海尔的“市场链”、“人单合一”等。同样，市场也不再是一单一单的纯粹的生意往来，企业间协同正在蓬勃发展，如企业联盟、虚拟企业、网络组织等。
企业信息化与电子商务是“一体二面”的关系。“体”是指信息技术与（企业）商务的交互融合的过程和结果，“面”是指企业信息化和电子商务，形象地说，企业信息化与电子商务是一个硬币的两个侧面。以机械与人的出行交互融合为例，企业信息化说的是“出行的机械化”，即如何将先进适用的机械技术应用于人的出行；电子商务说的是“机械化的出行方式”。对比起来看，企业信息化着眼于物、自然和应用过程，体现了信息技术与（企业）商务的交互融合的技术性一面，属于生产力的范畴；电子商务更着眼于人、社会和应用形态，体现了信息技术与（企业）商务的交互融合的制度性一面，属于生产关系的范畴。
在企业信息化与电子商务之间，不存在谁包含谁的问题，不存在划分地盘的问题，不存在谁先谁后的问题，所不同的只是着眼点。电子商务的兴起以及越来越受重视突出表明了随着信息化进程的推进，商务活动、流程、管理、组织形态等制度性的一面越来越受重视。这是CIO应该看到和重视的，也是企业信息化和电子商务人才培养所应该重视的。
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